En esta última etapa de sindicalismo se libraron luchas en las que se obtuvieron la mayoría de las prestaciones que actualmente gozamos los trabajadores que prestamos nuestros servicios a la BUAP, sin embargo los dirigentes se olvidaron de las obligaciones y objetivos que señalaba la declaración de principios de nuestra organización anteponiendo intereses políticos y de grupos que fueron minando la presencia del sindicato perdiendo credibilidad entre los trabajadores, razón por la que un grupo importante de trabajadores decidieron separarse del SUNTUAP para conformar en el mes de enero del año de 1994 el Sindicato Independiente de Trabajadores No Académicos de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla, SITBUAP siendo el primer secretario general el C. Francisco Corona Conde durante los periodos de 1994 a 2004. Para el periodo de 2004 a 2007, es nombrado secretario general el C. Raúl Arroyo García,  de 2008 a 2010  y de 2010 a 2013 es nombrado secretario general Lic. Santos Pedro Méndez Aguilar y de 2013 a 2016 encabeza al SITBUAP el Mtro. Misael Mejía Pérez. Después en 2016 el C. Fco. Javier Palestino García y actualmente el Lic. HUGO HERNÁNDEZ GARCÍA.

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Más de veinte años de vida tiene nuestro sindicato, la lucha por su consolidación no ha sido fácil y desde luego no termina. Actualmente somos titulares del contrato que rige la relación laboral con la BUAP, documento firmado de manera bipartita en el que se mantienen las prestaciones más sentidas por los trabajadores y contamos con un padrón de mas de dos mil afiliados.

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El compromiso del Comité Ejecutivo actual, es dar resultados. La combinación entre experiencia y sangre nueva transformará nuestro sindicato, trabajando conjuntamente con los delegados seccionales, reanimaremos la vida sindical, cuya esencia es el trabajador y a ellos debemos encaminar todos los esfuerzos, para resolver sus problemas y encaminar sus inquietudes; unidos lograremos el objetivo que es modernizar nuestra organización para resolver problemas actuales.

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